笔者侧身旧卫生界工作长达22年，亲身参与及耳闻目见之事较多，本文乃试图系统地介绍国民党卫生部组织结构变迁的史料，时间从年11月卫生部成立之时起，至年9月大陆解放为止，前后共22年。
由于卫生部机构多次变化，我们也随之多次迁徙，所有资料几乎散失殆尽。本文是我们按年次逐步回忆，再核对仅有的资料，逐渐充实来完成的。挂一漏万之处以及记忆错误，均所难免，希望同道们提出补充和修改意见。
南京时期
国民政府在广州或武汉时期，其所属机构中都没有卫生部。年4月18日，在南京成立的国民政府也没有设立卫生部，只是在内政部里设置了卫生司，主管卫生行政事务。卫生部正式成立是在年11月。当时，国民政府于10月25日发布了一个设立卫生部的命令，原文如下：
“卫生行政之良否，不惟关系国民体质之强弱，抑且关系到民族之盛衰。吾国对于卫生向多忽视。际兹时代，健全身体，锻炼精神，消除祲疫，洵属重要，着即设立卫生部，即将关于卫生一切行政事宜，移交卫生部办理，藉专责成，而重卫生。此令!”
国民政府于发布这一命令的同时，宣布特任薛笃弼为卫生部部长。从表面上看，似乎国民政府真是关心民瘼，为了保障人民健康，特地设立一个专管卫生行政的卫生部。其实并非如此。究其实际，卫生部的设立和薛氏被特任为卫生部长，完全是国民党内部各实力派为了弥缝彼此之间的矛盾，互相斗争、拉拢，以致重新安排人事的结果。
薛笃弼，原是西北军将领冯玉祥的得力助手之一，在进入国民政府之前，曾担任过京兆尹、河南省政府主席等职务，年2月被任命为内政部部长；该年下半年，为了安排阎锡山的幕客赵戴文为内政部长，薛需要让位给赵，同时也要给薛一个特任部长职务，于是决定把内政部一分为二，将卫生司分出来，建立一个卫生部，以安置薛氏。
这种情况，说它是因人设事，亦不为过。其后20余年中，卫生部由部改署，由署改部，以及卫生署由隶属于内政部改隶属于行政院，又由隶属于行政院改隶属于内政部，其建制的变迁多达8次，原因也几乎全是人事变迁的关系。当然，卫生部成立后，多少也做了一些工作，但这决不说明了其最初建立的真实原因。
薛笃弼出任卫生部部长后，首先由内政部调来各层次的一些人员。如原任内政部秘书长许世璇调任为卫生部秘书长（原来各部设部长一人，次长一人，秘书长一人；后来各部次长增为二人，一为政务次长，一为常务次长，将秘书长改为首席简任秘书）。
原内政部民政司司长胡毓威调升为卫生部政务次长，常务次长为刘瑞恒。此外，调任杨天受为总务司司长，随同他调来卫生部任职的有科长、科员、办事员及原内政部卫生司全体人员，约40多人。
卫生部成立后，草拟组织法草案并送呈行政院转送立法院审议通过，其组织框架与其他部相同，只是职能司处有所不同。其各司室负责人是：
秘书处首席秘书许世璇
总务司司长杨天受
医政司司长严智钟
防疫司司长蔡鸿
保健司司长金宝善
统计司司长金诵盘
技监室技监陈方之
参事室首席参事孟广澎
在卫生部成立之前，医药卫生界就有英美派和德日派的存在与斗争，国民政府针对这种情况，采取了“均势”的办法，把各派系与无派系的各方医务卫生主干人员加以考虑。
例如：常务次长刘瑞恒，医院院长多年，系英美派的首要人物，任命他为常务次长，处于卫生行政上的领导地位，故同时也任用了一批非英美派的人物。
如医政司司长严智钟，是留日的医学博士，又是清朝宣统二年载洵海军部的顾问后为袁世凯帝制党成员严复的孙子；防疫司司长蔡鸿是留法的医学博士（留法的医务人员少，没有形成派系）；保健司司长金宝善是日本千叶县医科毕业生，后又留学美国进修公共卫生；统计司司长金诵盘是留日的医学博士，原在国民革命军中任军医处处长；技监陈方之是留日的医学博士；原任内政部卫生司司长，卫生部成立后，卫生司划归卫生部，他改任为技监。
技监是部里卫生技术人员的最高职称。技监的官阶是简任二级，其下设简任技正（低于简任二级）、荐任技正、荐任技士、委任技士和委任技佐，技佐是技术人员的最低职称。所以技监的地位略高于其它业务司。技监室内设有视察数人，他们有的是简任职，有的是荐任职，随时代表卫生部到各省市视察和指导卫生工作。
另外，总务司司长杨天受，原是天津某银行的巨头，在薛笃弼任内政部部长时，被聘来任总务司司长，他是留美专攻经济学的博士。从上述人员的配置中，可以看出当局是煞费了一番苦心的，既要重视领导人员的学历、资历，还要照顾各派系代表人物的“均势”，以减少未来工作中可能发生的矛盾。
薛笃弼在任内政部部长时，政治、治事都很严谨，把西北军派的工作作风带到了内政部。他任卫生部部长后，作风不减当年。在他领导下，机关有些军事化，干部职位不分高低，包括工友一律短装（当时，其他各机关以及社会上的长袍马褂等服饰仍很流行）；制定有作息时间表，每天全体职工做早操，部长、次长、司长以及全体干部、工友，无一例外地均须参加；早操后在食堂早餐，餐后一起集中礼堂上党义课半小时，由指定人员讲述《三民主义》、《五权宪法》、《建国大纲》和《建国方略》等孙中山的著作，然后才正式工作。对于工人（当时叫做“勤务”），组织训练班，授以识字、小学课程和工作纪律等课。
卫生部定有部务会议处理部务，参加者为部长、次长、秘书长、各司司长、参事及技监，所议的都是卫生上的大事，如制定法规、工作计划、机关预算及全国卫生经费的安排等等。决议的事，由秘书处根据记录通知各职能司室办理。
卫生部各职能司之下均设科。例如总务司设四个科，第一科是机要文书、人事任免和监印；第二科是编辑卫生公报等刊物出版发行；第三科是会计、财务、出纳；第四科是庶务，掌管机关采购、汽车和勤务管理等。医政、保健和防疫三个职能司各设三个科，统计司则设两个科。
参事室主管撰拟及解释卫生行政法令，除首席参事外，有参事曹寿麟、刘武及孙润晨。孙是医务人员，曾留学美国。在参事室配备高级医务人员，意在拟订卫生法规时避免出现技术上的差错。技监室成立时仅有技监陈方之一人、荐任技正二人、荐任技士一人和办事员一人，其他人员则有待于充实。
卫生部在一个多月内就组织就绪，正常工作了，当时高级技术人员及职能司的科长技正等均大致配备，但辅佐的事务人员甚为缺少，故各方推荐的人员纷至沓来，薛笃弼部长很难应付。
于是决定登报招考办事员、书记（国民政府内最低的雇员之一，主要职务是缮写和刻印蜡纸等工作）20人。在两天报名期间，报名应考者达多人。经过考试，择优录取了方扬、曾英轩等12人。这可以说是国民党实施《五权宪法》中的“考试权”的一种初步尝试。此举杜绝了私人推荐，但也得罪了不少人。
卫生部成立后，第一个直属单位是设在北平的中央防疫处（年以前，金宝善是这个处处长，他调任中央卫生部保健司司长后，继任的处长是细菌学家陈宗贤医师）。
这个处成立较早，设在北平天坛内，国民政府成立、北洋军阀政府瓦解后，仍设在原址，生产各种预防、治疗及诊断各种传染病的疫苗、菌苗和血清等生物学制品，供应各地卫生机关之用。该处出售制品收入的价款，作为职工薪金及经常费用开支以及再生产之用。每年只编制收入概算，大致能收支相抵，在不得已的年度，才由国库拨给一部分补助经费。
第二医院。卫生部成立之初，军方曾在南京黄埔医院，完全由从国外购进的活动房屋建成，指定卫生部常务次长刘瑞恒兼任院长。
由于卫生部主管卫生医疗事务需要有自己的医疗单位，一方面为群众解除病痛，另一方面可以多多培训医疗人才，为将来扩充卫生事业之用。基此两点，特呈准行医院划归为卫生部领导，医院。
从此筹措经费，兴建四层大楼一座，并设置了电梯。医院的木质活动房屋向后推移，腾出的地方面临中山东路北侧，当时大楼耸立，为南京一时之冠。
其门诊部，由南洋华侨巨头胡文虎先生捐资兴建。医院在设备方面力求完善，各科主任均为有名的或比较有名的医学博士担任。如外科主任为沈克非，内科主任为戚寿南；牙科的韩文信，耳鼻喉科的胡懋廉等，均为国内负有盛名的医界名流。一次汪精卫被刺受伤，医院大楼建成，汪即住院治疗，不久便治愈出院。因此，医院出了名，财政部拨款也比较顺利了。
第三个直属单位是上海海港检疫所。本来这个检疫所是属于上海海关领导，其经费收支亦由上海海关统一办理。当时海关管理权仍操持在外籍人员手中，刘瑞恒博士支持海港检疫专家伍连德的意见，向上海海关力争收回了这方面权力，由海关划出来，单独成立上海海港检疫所，由伍连德任所长（所址仍设在上海海关内）。
由于伍连德在医学界声望很高，他和上海海关协作得很好，所有国内外船只，特别是进港外轮，都能依法检疫，防止了传染病的传入，为国家收回了检疫权。
以后又先后在天津、秦皇岛、青岛、广州、海口和汉口等港口，陆续建立了检疫所。以后经过修正卫生署组织条例，在署内增设了一个统一领导全国各海港检疫所业务的海港检疫处，由伍连德博士担任处长。
第四个直属单位是中央卫生试验所。由于卫生部发布政令、法规有许多涉及检验、鉴定和制定卫生标准的规定，必须有一个专业机构承担这些任务，专司关于药物、食品、饮料以及病理材料等等的检验、化验和鉴定等工作，中央卫生试验所便是适应这个需要而建立的单位。第一任所长是由卫生部技监陈方之担任。
陈在技监工作上建树不多，有些郁郁不得志，又逢在“总理纪念周”上遭到常务次长刘瑞恒的当众批评，更为消沉。经过部长薛笃弼的转圜，决定调他为中央卫生试验所所长。技监室则改称技术室了。中央卫生试验所设在上海虬江路，虽然离首都远点，但可减少卫生界中的英美派与德日派各首领间的磨擦。
卫生部成立以后，对原来内政部制定的有关卫生方面的法规，进行了修改。例如：《医师暂行条例》、《药师暂行条例》、《护士暂行条例》、《助产士暂行条例》、《清凉饮料卫生规则》、《污物扫除条例》等等。
凡条文中有“内政部”字样的，一律改为“卫生部”字样，有的做了局部补充或修正，未做大的变动。法令的拟订与修正是由参事室会同主管司共同商订，而法规条文的用语与解释则由参事室负责。法规修订经部长、次长审阅批准后，交由总务司第一科负责拟稿、呈准、公布、施行，算是完成法定程序。
卫生部原租用位于罗丝转湾一所教堂的砖木结构假三层楼作为办公厅（当时称作办公厅，指的是办公的处所，并非机构的名称），部长室、次长室、秘书处、参事室、总务司及所属四个科，均在此办公。
假三层上面为油印室。在此楼西侧还租用楼房一座，称为第二办公厅，作为医政司、防疫司、保健司、统计司、技监室及档案室的办公处。年10月，负责油印工作的工友穆林英冬季升火取暖时不慎失火，致全楼烧毁。幸抢救及时，一切公物、文件未遭损失。后又在此楼西侧锏银巷租赁有礼堂及宿舍的楼房两座，为以后发展卫生科学实验创造了条件。
卫生部成立不久，即在年12月26日召开第一届全国卫生行政会议。当时地方卫生行政组织，除几个设有卫生局的特别市的卫生局长参加外，其他各省多为民政厅厅长出席。
会议通过了卫生部提出的《地方卫生行政初期实施方案》。这次会议后，有条件的省，将民政厅的卫生科划出，成立了省一级的卫生处。卫生处的地位略低于各厅，处长不是省政府的委员。
年，冯玉祥、阎锡山倒蒋事发，薛笃弼因是冯系重要人物，因而忽然辞职他去，政务次长胡毓威、秘书长许世璇等亦随之而去。卫生部长一职，国民政府特派刘瑞恒代理。当时，高层次人物无一留任，幕僚人物在政治上有见识者只有秘书张友棻，他还可以应付文书方面的工作；邵秀明女士原是英文秘书，继续留任。
刘瑞恒代理卫生部长后，部里除了秘书薛玉琪和邵秀明外无“班底”（时会计和庶务是随长官进退而进退的，被叫作“班底”），一时难以找到继任者，于是原总务司第三科（会计）和第四科（庶务）人员绝大部分留任了。以后找到天津同乡陈筱田担任总务司长。陈原系经营西餐业者，后来卫生部于年撤消，刘瑞恒改任内政部卫生署署长，组织规模缩小，陈未再留任。
年“一二八”之战时，国民政府再一次改组，卫生部改为卫生署，隶属于内政部，刘瑞恒为简任署长。行政院为照顾刘代理部长时已是特任官，改简任降低官阶，在面子上不好看，所以特任刘为禁烟委员会委员长，内政部卫生署长作为兼职，照常出席行政院会议，对政府处理卫生事务在会议上有发言权。当时，内政部部长刘尚清亦未以下属看待刘瑞恒。刘瑞恒曾经有一次请刘尚清到卫生署视察，并召集全体职员作了训话。
卫生署改隶于内政部后，首先要解决的是《组织法》问题。按照常理，署比司大，司下设科，署下设处，既便于推动新兴的卫生工作，也容易安排人。《组织法》草案，大体是按照卫生部组织形式，将司改为处，每处设科减少为两个，总的人数，比卫生部大约减少1/3。
草案送到立法院，审议时三番五次通知刘瑞恒到会说明，一次又一次的审议，竟被拖延了三年之久。其中原因颇为复杂，主要即是卫生界中英美派与德日派的矛盾与斗争。
直到年4月，国民政府才公布了《内政部卫生署组织法》，规定署内仅设总务、医政、保健三个科；设荐任秘书2人，简任技正2人，荐任技正4至6人，荐任技士及委任技士8至12人，委任技佐10余人。
规定每月经费2.4万元，全年为28.8万元。当时国民政府对于准予设置的机关，有《组织法》或《组织条例》可循的采取两种办法：一是财政包干，既在规定的经费内，支出不得超过；二是职工人数包干，即规定预算内所定的总人数，明白规定为若干人，倘有超过，由单位领导负责，财政上不予支持。
事实上预算往往有追加或追减（追减往往是在收入上的追减），能否批准，要看负责人的政治背景如何，有没有实事求是的精神。凡收支相抵或略有盈余的单位，可编制“事业费收支概算”，只能追加收入，而不能追加支出。
卫生部改为卫生署，人员、经费均大为减少。刘瑞恒纯是一位技术人员，对于官僚主义体制难予应付，他自己又无得力幕僚辅佐，困难甚多，不得已将薛笃弼的幕僚许世璇、胡毓威请了回来。
许被安置在卫生署，限于《组织法》的规定，以荐任一级秘书任用，月薪元，虽比他在卫生部任简任秘书时减少元，但在当时政府人员中收入仍是上乘的。
胡毓威被安置在禁烟委员会任简任总务处处长，禁烟委员会所有行政事宜均委托胡代拆代行，每周向刘汇报一次情况，并商定某事如何处理。这样，刘瑞恒可以腾出精力来处理卫生署的工作以及与国外卫生机构的联系与合作等事宜。
《卫生署组织法》虽然通过，但规定其组织仅有总务、医政、保健三个科，业务、技术人员总共不过五六十人，加上雇员（办事员、书记等）不过百人。当《组织法》未公布，卫生署处于筹备阶段时，一切工作仅是日常工作，卫生工作几乎等于零。
记得那个时期卫生署没有印章，不能发布公文命令，有一两次为了遏止传染病在各地的发生和流行，只好用内政部大印发出公文，通令各省市的卫生局及民政厅遵照办理。由于卫生署长期处于筹备状态，使卫生工作的开展很受影响。
《卫生署组织法》公布后，依据《组织法》规定做了人事安排：以金泰为总务科科长，金系留美经济学博士；以周文达为医政科科长兼保健科科长，周系留日的医学博士。
医政方面的实际工作，主要是审发医师、药师、护士、助产士等医事人员证书，以及审查颁发成药许可证等事务，几乎没有办理什么保健方面的工作。依据《组织法》设有简任技正2人，其中1人是金宝善，相当于副署长的职务与责任。
卫生署在筹备阶段为发展卫生事业，通过宋子文的协助，另在美国棉麦借款项下（据闻，当时棉麦借款总数近亿美元）拨出一批款项，组织成立了中央卫生设施实验处，这个处归全国经济委员会领导。
医院之后兴建卫生实验大楼一座，一切设施装备在当时是比较先进的。其组织相当庞大，处长由刘瑞恒兼，副处长由金宝善兼。处内设有八个系三个室，每月经费及事业费3．6万元，全年43．2万元。八系三室的组织及负责人如下：
化学药物系负责人冯志东孟目的刘绍光
细菌检验系主任杨永年
寄生虫学系主任姚永政
卫生工程系负责人戴雅过祖源
妇婴卫生系主任杨崇瑞
卫生教育系主任朱章赓
社会医事系主任姚寻源
生命统计系主任许世瑾
秘书室主任许世璇（兼）
总务室主任金泰（兼）
会计室主任巩克忠
上述八个系，每系设系主任1人，由相当荐任技正兼任；有的由相当简任技正兼任，如妇婴卫生系主任杨崇瑞即是。有的系在系之下，还有与系相等的组织，如化学药物系设有化学室、药物研究室和制药室；卫生教育系下设有学校卫生室、编译宣传室、卫生模型室、摄影室及画室等，其负责人有的与技正相当，但都是聘任在职人员或雇员。
这与当时政府机关的工作人员都规定为简任、荐任、委任职名义不相同，从组织规定上可以视作纯属科学技术性质的单位。这个卫生实验处与卫生署同在一楼内办公，总务、会计、人事等都是一套人马，因此，一般非医务卫生界人士，只知道有卫生署，很少有人知道还有中央卫生设施实验处（后来改称为卫生实验处）。
“一·二八”抗战后，原设在上海虬江路的中央卫生试验所所址及一切设备完全毁于炮火之中，所内职员无事可做，所长陈方之将铜质大印缴呈卫生署后，自己也不干了。从此，中央卫生试验所名存实亡。卫生署作了个掉包计，将中央卫生试验所工作交由卫生设施实验处办理，改派杨永年为空头所长。
年根据国际公约规定，我国需设置麻醉药品经理机关，于是在中央卫生试验所之下，增设了一个麻醉药品经理处。这是一个配合国际联盟管制世界麻醉药品统一供应医用的机构，负责麻醉药品的提炼医院销售。制造和管制的品种有阿片、阿朴吗啡、帕帕非林、吗啡、可待因、狄欧宁、欧可达、可卡因、大麻、潘托邦、士的宁等。
麻醉药品经理处的业务，因为与禁烟督察处的业务有关，故由两个机关共同组织，经理处负责制造、提炼；督察处负责提供鸦片粗原料和监督销售，所以麻醉药品经理处主任一职由卫生署派杨永年兼任，副主任由禁烟督察处派胡杰充任。
抗日战争爆发后，年该处迁至重庆，麻醉药品经理处脱离中央卫生试验所而独立设置，主任由卫生署署长颜福庆改派史悠明充任，胡杰仍旧。以后又由重庆迁至合川。
当时各种麻醉药品每年需要数量，由卫生署根据医疗工作正当需要拟订计划，经行政院批准，由禁烟督察处按规定数量将粗制鸦片拨给麻醉药品经理处，该处再精制提炼成各种医用麻醉药品，售给各医疗单位使用，并定有严密监督办法，以防滥用。
出售麻醉药品收入按比例每月拨给禁烟督察处。麻醉药品经理处副主任胡杰专对禁烟督察处担负此项责任。出售麻醉药品每年盈利甚多，为各个卫生医疗单位各项收入之冠。
该处迁至合川后，据悉在经济上曾发生过问题，卫生署长颜福庆引咎去职，经理处主任史悠明亦同时去职。主任一职由新任卫生署长金宝善派留法化学家梁其奎充任。年冬，麻醉药品经理处由禁烟督察处指派专轮由上海迁往台湾基隆。禁烟督察处是军事委员会委员长直接指挥的一个特殊单位。
在这里需要插一段史实：年长江流域发生水灾，武汉三镇和江苏江北地区灾情更为严重。卫生署因刚刚组建，《组织法》尚未制定公布，基础尚待建立，刘瑞恒便以其过去的威望，号召各级医疗卫生人员踊跃参加长江水灾区的卫生防疫工作，在长江水灾救治委员会之下组成卫生防疫组。
被动员参加这项工作的医务人员有0余人，分散灾区进行防疫医疗工作。在这次救灾工作中，各类医务人员都能不分派别，互相合作。这项工作近3年才完成，疫情得到控制，各参加单位陆续撤回了人员及设备。
卫生署为发展公共卫生事业，经磋商得到美国罗氏基金会拨给赠款，以办理公共卫生人员训练。年成立卫生人员训练班，一年后改为训练所，并在卫生署大院内建筑教学楼及礼堂各一座，设有公共卫生医师、公共卫生护士、卫生稽查等班。
公共卫生医师和公共卫生护士班分别招收正规医学院校和护士学校的毕业生，卫生稽查班招收高中毕业生。训练时间至少半年，多至一年，结业后由卫生署分配工作。工薪均比原来本职工作略高一级。
训练班开始由公共卫生专家张维、姚克方分任正、副主任，改为训练所后，张维因调任上海卫生局长，改由姚克方任所长。训练所工作人员，除主任、各班主任和教务、事务人员为专职外，教师都由卫生署、卫生实验处的技术人员担任。
为供学员实习，训练所与南京市卫生事务所（南京市卫生局因派系斗争而撤消后，迄未设置卫生局）合作，在四牌楼办了一个卫生所；与江宁县合作办理江宁县卫生院（在东山镇），分别作为学员在城市卫生与农村卫生的实习基地。训练所用于训练，设施之所有经费，统由美国罗氏基金会资助。
重庆时期
疏散和迁移年11月因日本飞机轰炸南京，南京国民政府决定西迁，并于西迁前实行了对公务员的疏散办法。规定各机关工作人员疏散一部分，被疏散人员各返原籍，停发工资，俟战争结束后再返回原机关工作，类似“停薪留职”。
疏散人员可以由机关长官指定，也可以自行申请。卫生署疏散走了的人员约占全部工作人员的1/2。这一措施并不明智，完全是惊惶失措搞出来的一个错误办法。
因为战争开始后，政府机关的工作只会增加，不会减少；在正是需要人的时候，却把一部分人员疏散走了。另外，被疏散人员多数返回原籍，其中大多数陷于沦陷区，很可能遭到迫害、屠杀。抗战胜利后国民政府迁回南京，但在年被疏散的人员没有一个再回到卫生署。
昙花一现的卫生勤务部抗战开始后，国民政府成立了大本营，其下设置了许多部，卫生勤务部为其中之一。卫生勤务部成立于8月中旬，把行政院的卫生署、军政部的军医署，都划归为该部领导，其用意是为了加强战时的救护工作。
任命卫生署署长刘瑞恒为部长。在两署之外，成立了一个秘书处，由梅贻琳、张振夏两位医师分任正、副处长。原军医署长张建辞职他去（张是德日派医师、可能当时军事当局怕派系斗争影响工作，故同意他辞职），改任原北京协和医学院教授林可胜为军医署长。
卫生勤务部成立不久，上海战事失利，于11月迁往汉口。12月南京失守，翌年初，大本营改组，卫生勤务部撤消，军医署恢复原来建制，卫生署改隶于内政部，恢复原来卫生工作军、民分治的局面。刘瑞恒宣布辞职。
卫生署人员、物资相继抵达重庆，在黄桷街租到一栋砖木结构的三层楼房为办公处。不久，国民政府任命原上海医学院院长颜福庆为卫生署署长，金宝善为副署长。此时内政部部长也已换人，新任部长为原湖南省主席何键。何就职后，曾到卫生署给来渝人员训话一次。
建立公路卫生站抗战第二年，战区逐渐扩大，难民纷纷逃往后方，主要是逃往西南各省。当时西南各省铁路甚少，四川、贵州、西康各省没有铁路，民运、军运主要是靠公路。
公路所经地区医疗卫生设施非常缺乏，为了解决沿公路后撤的难民及公路交通员工的医疗防疫问题，卫生署经呈行政院，在后方各省公路沿线设置公路卫生站20多处，分设于川康、滇黔、黔桂、成渝、川陕等公路沿线。
其规模约与当时县各级卫生组织结构相仿，其同时兼顾附近机关员工以及居民的医疗防疫工作。这些卫生站解决了一些问题，但在后方各省广大缺医少药地区，20几个卫生站又何济于事?抗战胜利后，这些公路卫生站有的撤销了，有的移交给地方政府。
设置推行公医制度年前后，卫生署当局提出了公医制度的设想，不少卫生界人士对此表现出浓厚的兴趣。这一情况的出现，很可能是受了苏联所实行的全民免费医疗制度的影响。
不过，当时卫生署当局所设想的公医制度的具体内容如何，始终没有见到系统的阐述，从其零星的言论中可以看出，其所谓公医制度，大体是主张实行全体国民都享受免费医疗保健服务。从当时国内政治、经济等情况来看，可以说这完全是空想。其出发点并不坏，可惜完全无视国内的具体情况，未免过于天真了。
卫生署当局为了推行这一设想，还采取了两个步骤：一是设置推行公医制度医师，大体是仿效当时教育部实行的“部聘教授”办法，选择一些学识和医疗经验比较丰富的医师，由卫生部任为推行公医制度的医师，派往各省、市，协助当地卫生机关工作，其薪金由卫生署从行政院所拨专款中支给。
第一批20名。另一个步骤是出版一个鼓吹公医制度的刊物，名为《公医》，是双月刊，由卫生署保健处处长陈万里负责编辑，刊物只发给各级卫生机关，不公开发行。抗战胜利后停刊，推行公医制度的医师不久也停止选派了。
建立防疫联合办事处掌握传染病发病、流行情况，是防疫工作的第一步，也是很重要的一步。在抗战之前，卫生署已经制定公布过一个《传染病管理条例》，《条例》规定霍乱、鼠疫、天花等9种急性传染病为法定报告传染病；对于报告的义务人也有明确规定，并定有报告的时限。
但在抗战之前，国民政府真正能够统治的省市并不多，东北四省九一八事变后相继沦陷，西南、西北许多省份几乎长期为地方军人割据，加以各级卫生组织极不健全，所以向卫生署按期报告疫情的很少，少数直辖市报告也很不完整。
抗战以后，随着战区扩大，沿海地区相继沦陷，卫生署所得到的传染病报告更为稀少。直到容启荣任卫生署防疫处长后，才着手整理、编制《法定报告传染病流行情况周报》，但内容很不完整，其表中不包括部队中传染病流行情况。
经与军政部军医署协商同意，成立了防疫联合办事处。名为防疫联合办事处，实为疫情报告的联合，由军医署调陆世烺医师主持其事，在卫生署防疫处领导之下进行工作，每周编制包括军民双方的传染病发病及死亡人数的《疫情周报》，向全国各地方及部队卫生机关发布。后来并与世界卫生组织合作，向世界卫生组织通报。
卫生署长易人及扩大编制年，颜福庆署长因故辞职，国民政府任命金宝善为署长，沈克非为副署长，并将卫生署改属于行政院。署长、副署长都是简任，署长可以列席行政院会议。
这一点与卫生署第一次直属行政院时不同，那时署长刘瑞恒是特任，是出席行政院会议的。根据立法院通过的《卫生署组织法》，卫生署原有职能科都改为处（室），增加了中医委员会。各处（室）及其负责人如下：
中医委员会主任委员陈郁
秘书室秘书许世璇
总务处处长许世璇（兼）
医政处处长汤蠡舟
防疫处处长容启荣
保健处处长严镜清
技术室主任许世瑾
人事处处长戴芳渊
会计处处长龚树森
统计室主任王士奇
成立中央卫生实验院由原有之卫生实验处、公共卫生人员训练所及中央卫生试验所三个机关合并组成，其内部组织一如卫生实验处，不过把“系”改成“组”了。它既培训各级卫生技术人员，也做各种卫生科学的实验，是一个科学研究性质的机构。
开发大西北卫生事业抗战军兴后，西北重镇西安成为西北的大后方，各方人员云集。卫生署为开发西北卫生事业，特成立西北卫生专员办事处，负责统筹西北五省卫生事业的开发，派龙毓莹为专员。
在此之前，卫生署曾成立西北防疫处，派杨守绅代理处长；后又成立蒙绥防疫处，派齐长庆代理处长。西北卫生专员办事处成立后，除建立几个防疫队外，医院，派张查理为院长；复又建立甘肃省妇幼保健院，派陈桂云为院长。
西北防疫处及蒙绥防疫处的两处负责人均系兽医人才，故其任务是防治兽疫，不属于卫生署的职掌，卫生署为此改派杨永年为西北防疫处处长；改为防治人疫，专司制造各种人用疫苗、菌苗及血清等生物学制品，并在成都设立制造所。蒙绥防疫处改为蒙古卫生院，派桑沛恩为院长。所有西北、蒙绥两防疫处的兽疫防治工作，则移归当时农林部所属的西北兽疫防治处继续办理。
西北卫生专员龙毓莹不久调任湖南省卫生处处长，遗职由杨永年继任。杨办事泼辣大胆，医院及妇幼保健院为其一手协助成立。此外，还设立了西北卫生人员训练所，训练了各项卫生人员，由李文铭任所长。
对西北五省的卫生工作，也给予相当支持。到年，西北卫生工作有了一定基础，在组织上作了一番调整，撤消了专员办事处及公共卫生人员训练所，经呈准建立西北卫生实验院，为以防治斑疹伤寒及黑热病为主的科研单位；同时培训公共卫生人员，由杨永年任院长。
年抗战胜利后，各单位纷纷复员，西北卫生工作又作了一番调整，将西北防疫处划归设在上海的中央生物化学制药实验处的西北实验厂，将西北卫生实验院划归中央卫生实验院兰州分院，由甘肃省卫生处处长许世瑾代理院长，半年后改由姚寻源为院长，工作任务听命于中央卫生实验院的指示办理。
医院于抗战后先迁到贵阳，后迁到重庆歌乐山，设病床张，医务仍是比较紧张。此时上海医学院亦迁到歌乐山，医院医院代替，两者经费常常混淆不清，难以管理。
同时中国红十字会早在迁建区高滩岩医院，而且距离重庆市区较近，经呈准行政院和教育部同意，医院划归上医院，由卫生署领导。
实施卫生技术人员技术津贴制度抗战时期，后方物资缺乏，物价因而上涨，直接影响了医务人员的生活。年，经卫生署署长金宝善呈准当时行政院院长孔祥熙批准，对卫生技术人员按月发给技术津贴，其数额约相当于工资的1/3。
开始实行的几个月，尚有实际补助意义，但几个月之后，就赶不上物价的上涨了。另外，在医疗卫生工作单位中尚有一部分行政人员，包括会计人员等，按规定不能发给津贴，为了使这部分人员安心工作，决定从技术人员应得的技术津贴中提取25％，作为公益金，发给行政、会计人员，技术人员实际所得只有定额的七成到八成，而且规定每个季度造册由卫生署长批定一次，及至发到技术人员手中，受物价影响，对实际生活已受益不大了。
建立医疗防疫总队建队之初，总队部设在重庆，下设三个大队，分驻于华南、华中和西北。大队之下，各设九个分队。大队部还设有几个专业队，如细菌检验队、卫生工程队等。防疫总队各队与公路卫生站之固定在一地区有所不同，它具有流动性，可以根据需要随时调动。
其驻地主要在难民云集的地方，一是为难民解决医疗问题，二是遏止疫病的传染。总队长开始由王祖祥担任，后由姚克方接替；姚调任贵州省卫生处长后，由卫生署防疫处处长容启荣兼任。副总队长由左吉担任。
建立设计考核委员会年，卫生署内增加了一个新机构——设计考核委员会，分设计和考核两个组，由简任技正许世瑾和保健处处长陈万里分任两个组组长。这是配合国民党中央设计局和党政考核委员会的工作而设置的机构。
国民政府各部会都设置了这个组织。据说这是国民党鉴于苏联有专门主管计划的部门，因而在我国实行设计、执行、考核的所谓“行政三联制”。各单位设计考核委员会设立之初，国民党党政工作考核委员会曾召集各机关有关人员开过几次会，由一位研究苏联的专家西门宗华在会上作讲演，介绍苏联政府设计考核工作的情况。
参加中央设计局的工作中央设计局是国民党建立的一个负责拟订各项建设计划的机构，局址在枣子岚垭。成立之初，由王世杰任秘书长，局里分设5个组。年进行了一次改组，扩大了编制，改由熊式辉任秘书长。
设置的专业组近20个，各组组长多由行政院各部会主要负责人兼任，组里工作人员一部分是专任，另一部分也是由对口的部会派人兼任。卫生署署长金宝善，兼任设计局的设计委员并兼卫生组组长。
另一位设计委员张维、专门委员赖斗岩、专员侯子明等都是专任的。专员邓宗禹则是兼任的。卫生组拟有从抗战胜利后卫生工作的恢复与发展计划。及至日本投降，因各部门工作都需要人，各组兼任人员几均撤回，专任人员也大部分被调走，设计局的工作，至少是卫生组的工作完全陷于停顿了。
成立卫生用具修造厂国民政府撤出南京前，卫生署曾派林可明工程师专管卫生器材的修理。医院的医疗器材损坏无处修理，而卫生实验处在各种实验上也需要自己制造器材，以备急用，此种情况急需解决。
卫生署乃在原土木工程处及汽车修理的基础上，组成一个工程处，实际是负责修理医疗器械，其做工精细考究。政府西迁重庆时，亦将各种设备及各种技术工人带往重庆，并经行政院批准，在重庆设立了卫生用具修造厂。
设厂目的，一是战时从国外购买医疗器材需用外汇，运输也困难，如果自制一部分，可以减少进口；二是各医疗卫生单位医疗器械遇有损坏，可以得到及时修理；三是修理器械，可逐渐提高技术水平，以便自制或仿制一部分器械，减少进口。
厂长由一名精通照相器材的工程师郭承志负责，厂址初设在重庆市大梁子，不久与麻醉药品经理处同时迁往合川，厂长由杨继康继任；修复和制造了不少医用器械，并在重庆设立了门市部，颇得医疗单位的好评。
还都之后
还都南京年8月日本宣布无条件投降后，卫生署和其他国民党党政机关一样，立即筹划迁回南京。但由于重庆到南京没有铁路，主要交通工具是搭乘轮船或木船顺流而下，或是搭乘飞机，或是乘汽车，沿成渝和川陕公路，通过河南和安徽到达南京。
但当时轮船、木船、飞机、汽车，数量都很少，不可能在短期内把全部人员、物资运回南京。加上卫生署在当时一些人看来，不属于机要部门，争取交通工具，困难重重。
故在年内，只有一小部分人乘飞机先回京，另一批乘汽车，经成都、宝鸡、西安、洛阳等地绕道回京，路上风餐露宿，艰苦备尝。其余则在年陆续迁回南京。卫生署迁回南京，首先遇到棘手的问题是房屋问题。
原来日本投降后，空军首先到达南京，到京后即抢占了卫生署、医院和卫生实验院的全部建筑，拒不交还。最后卫生署向军事委员会申诉，经其干预，才得以收回，但室内暖气设备均被拆走。年夏季，卫生署才正式恢复工作。
成立中央生物化学制药实验处抗战胜利后，由于杨永年领导的西北各卫生工作单位，绝大部分人员来自江浙一带，在西北工作多年，经历艰苦，至此借抗战胜利之机，经卫生署署长金宝善的批准，在去上海及东北接收之后，组织成立了中央生物化学制药实验处，由杨永年任处长，陈璞任副处长。
其组织甚为庞大，在上海接收的医事制药单位，另成立了上海生物制品实验厂、上海制药厂、上海卫生用具修造厂及卫生器材总库等四个单位。在长春接收的日伪卫生技术厂，原系制造生物制品的单位，而且设备齐全，故改为东北生物制品实验厂，由陈宗贤任厂长。陈后来调至上海，改派傅惠代理厂长。
原在成都的制品所依旧。在天津及沈阳也接收了两处制药厂。随着把西北卫生工作大部分转移到上海，天津、沈阳及长春的人员也分别调至上述各单位。当时新接收的单位，国民政府只发经常费，不发事业费，工作难以维持。杨永年为此秉承当时卫生部部长周贻春（通过政务次长金宝善）的同意，将上海接收的事业转移到善后事业委员会，另设制药公司总揽其事，由杨永年任总经理，使此项事业利用善后事业基金得以继续维持而略有发展；直到上海于年5月27日解放，将此项事业完整地移交到人民政府手里。
一件小插曲年秋，卫生署所属中央卫生实验院细菌检验组技师方刚，于做鼠疫杆菌传代培养接种时，不慎受到感染，突然发病。经确诊为鼠疫后，一方面进行抢救，严密隔离治疗，一方面对近期与他接触的人实行隔离检疫；对于未曾与他接触的其他人员，一律服药预防。对外则严格保密。结果方刚经服用磺胺类药物及注射抗菌素类药品，竟奇迹般地获得痊愈。其他人员也没有发现续发病例。这一小插曲，一直未向外界公布过。
战后第一次全国卫生行政会议召开卫生署于年冬在南京召开战后第一次全国卫生行政会议，出席人员有各省卫生处长，各（直辖）市卫生局长；卫生署署长、副署长及处长、科长、参事、技正；卫生署直属各机关负责人，并有社会部、教育部代表参加。
会议历时3天，有多件提案，着重讨论了各地卫生事业的恢复和建设问题。从当时正处于抗战胜利之后，各地卫生设施破坏严重、诸端待理的情况看，开这样一次会还是需要的。只是提案多数是纸上谈兵，议而不决或决而不行。
抗战胜利后卫生署的人事调整抗战胜利后，卫生署内部人事于年至年进行了部分调整。原副署长沈医院院长，继任的是原江西卫生处处长方颐积。
原医政处处长俞松筠，也辞职回到上海，据说是搞电影工作去了，遗缺由汤蠡舟接替。原保健处处长陈万里出任江苏省卫生处处长，他的职位由原贵州卫生处处长施正信接替。中级干部也有许多变动。
卫生署附属机关的调整及增设战后，卫生署附属机关陆续由大后方迁回原地，部分机关作了适当调整，并增设了一些机构。医院在原址恢复，任姚克方医师为院长。
设在兰州的医院改为兰州医院，任张查理医师为院长。增设天津医院，以陈崇寿医师为院长。在广州增设了广州医院，以钟世藩医师为院长。
抗战初期迁至昆明的中央防疫处，改称为中央防疫实验处，迁回北平天坛原址。原昆明处址改为中央防疫实验处昆明分处，由魏曦医师负责。后又在上海设置上海分处。原西北防疫处，亦准备改为中央防疫实验处的兰州分处，但还没有来得及改组，北平便解放了。
战时迁至重庆歌乐山的中央卫生实验院，胜利后仍迁回南京原址，院长仍由朱章赓担任。并在北平先农坛增设了北平分院，由黄祯祥医师担任院长；同时在兰州增设了兰州分院。
战时设置的战时药品经理委员会，由于战事结束后海运畅通，药品输入顺利，已无存在必要，即于年底撤消。药品接收站则由重庆迁至上海。
各省市卫生行政机关的恢复战时被敌军侵占的各省市原有的卫生行政机关，有的已经撤消，有的迁移它处，胜利后均逐渐恢复或迁回。部分尚未设置卫生行政机构的省份，有的于战后设立了卫生处。召开战后全国第一届卫生行政会议时，各省市卫生处局的处局长，就记忆所及，大致如下：
江苏省陈万里浙江省郑介安
福建省陆涤寰安徽省蒋增勋
河北省侯子民山东省王福溢
山西省王吉民陕西省杨鹤庆
湖南省邓一韪湖北省左吉
绥远省张崇德四川省陈志潜
甘肃省杨树信云南省缪××
上海市张维北平市韩云峰
重庆市李之郁
其他省市的记不清了。
卫生署升为卫生部年下半年，南京国民政府召开国民大会，通过“宪法”选举总统，各院、部、会同时改组。卫生署于由部改署18年之后，又改为部。
改部后持任周贻春（字寄梅）为部长，金宝善为政务次长，严慎予为常务次长；增设参事室，任命许世瑾等为参事。原来的各处都改为司，人事上的变动不大。不久，医政司司长汤蠡舟辞职，继任者是蔡方进医师。
解放战争节节胜利后，南京国民政府匆忙逃走，卫生部部长周贻春辞职，发表由金宝善继任的声明。但金在周辞职之前已辞去次长职务，改就上海医学院教授，旋又到联合国世界卫生组织工作，对新任命坚辞不就；又改派朱章赓代理卫生部长。年国民党跑到广州后，又将卫生部改为隶属于内政部的卫生署，发表王祖祥为署长。但不久，就跑到台湾去了。